W rok po wydarzeniach z poprzedniej części Dr Willy ponownie pragnie podbić świat, tworząc nowe Robot Mastersy. By pokonać antagonistę Dr Light wysyła robota bojowego Mega Mana.

Sequel powstał w myśl sprawdzonej zasady "więcej, lepiej". Tym razem do pokonania jest 8 plansz pełnych rozmaitych platformowych sekwencji, jak i walki z coraz to pomysłowymi przeciwnikami. Na końcu każdego poziomu czeka boss w postaci jednego z Robot Masterów, którego pokonanie skutkuje przejęciem jego specjalnej mocy. Co jakiś czas Dr Light tworzy też dla nas ulepszenia.

Względem poprzedniej części "Mega Man 2" wzbogaciła się o system zapisu stanu rozgrywki przy użyciu haseł. Dodano też nową znajdźkę Energy Tank, która przywraca bohaterowi pełny stan życia. W drugiej części zrezygnowano również z systemu punktacji.