Anime to przedstawia prawdziwą historię Anne Frank, żydowskiej dziewczynki mieszkającej w Amsterdamie podczas II Wojny Światowej. Ojciec Anna Frank zdając sobie sprawę z zagrożenia jakie niosła ich religia postanowił ukryć siebie i rodzinę (żonę i dwie córki: starszą Margot (16) i młodszą Anne (13) w dobrze przygotowanej kryjówce. Wraz z nimi ukryła się także rodzina Van Daan`ów oraz dentysta Pan Dussel. Przez dwa lata 8 ludzi mieszkało wśród szeptów i ciemności, w strachu przed wykryciem i zesłaniem do niemieckich obozów zagłady. Anne prowadziła w ten czasie osobliwy dziennik, opisując życie w ukryciu, codzienne sprawy, skomplikowane relacje rodzinne oraz historię swojej pierwszej miłości. Anne zapisywała swoje marzenia o wolności, powrocie do świata, który musiała porzucić... Po zadenuncjowaniu kryjówki Franków przez holenderskiego donosiciela, cała rodzina została przewieziona do obozu koncentracyjnego.