Po wydarzeniach z "Abe's Oddyssey", Abe świętuje razem ze swoimi przyjaciółmi w wiosce Mudokonów. Jednak chwila wytchnienia zostaje przerwana przez zatrważającą wizję, w której duchy przodków odwiedzają głównego bohatera i ostrzegają przed nadciągającym niebezpieczeństwem. Święte cmentarzysko Mudokonów zostało zamienione przez chciwych Glukkonów w kopalnię, a jego martwi mieszkańcy nie mogą zaznać spokoju, dopóki wróg bezcześci ich szczątki. Abe wyrusza z misją uwolnienia swoich braci spod jarzma Glukkonów i ocalenia spokoju dusz swoich przodków. Czy i tym razem zostanie bohaterem swojego ludu?