Brat zmarłego przedwcześnie aktora,
Rivera Phoenixa i trójki innych artystów filmowych - Raina, Liberty i Summer. W dzieciństwie często podróżował wraz z rodziną, jako członek Kościoła, Children of God, którego misjonarzami byli jego rodzice. Karierę aktorską rozpoczął bardzo wcześnie, pojawiając się już jako dziesięciolatek w telewizyjnych produkcjach, jak choćby "
Kids Don't Tell", czy "
Gwiazda poranna/Gwiazda wieczorna". Występował w nich pod pseudonimem Leaf Phoenix. Na dużym ekranie zadebiutował w roku 1986 w "
Kosmiczny obóz". Dobrze przyjęty został jego występ w "
Spokojnie, Tatuśku", po którym jednak Joaquin postanowił wycofać się na jakiś czas z udziału w produkcjach filmowych, by zwiedzić trochę świata wraz z ojcem. Ponownie stał się znany w roku 1993, za sprawą głośnego skandalu, jaki wybuchł, gdy jego brat
River zmarł wskutek przedawkowania narkotyków w klubie
Johnny'ego Deppa, The Viper Room. Wtedy to, cały świat obiegło zdjęcie Joaquina, dzwoniącego na policję. Do filmu powrócił w roku 1995 w "
Za wszelką cenę"
Gusa Van Santa (który wyreżyserował wcześniej "
Moje własne Idaho" z
Riverem w roli głównej), u boku
Nicole Kidman. Stworzona tam kreacja przyniosła mu uznanie krytyki i zaowocowała angażem do "
Drogi przez piekło"
Stone'a, gdzie partnerowali mu
Sean Penn,
Nick Nolte i
Jennifer Lopez. W 1997 roku, na planie "
Abbottowie prawdziwi" poznał swoją przyszłą partnerkę życiową,
Liv Tyler, z którą pozostawał w związku przez trzy lata. Największą sławę przyniosła mu rola samolubnego, sfrustrowanego i chorobliwie ambitnego cesarza rzymskiego w "
Gladiatorze"
Ridleya Scotta, gdzie zagrał u boku
Russella Crowe. Świetną kreację stworzył także w "
Zatrutym piórze" jako targany rozterkami ksiądz w zakładzie dla obłąkanych, gdzie przetrzymywany był markiz de Sade.