Ben Whishaw przyszedł na świat 14 października 1980 roku razem ze swoim bratem bliźniakiem Jamesem. Dorastał w Bedfordshire we wschodniej części Anglii. Od najmłodszych lat interesował się aktorstwem, dlatego został członkiem Bancroft Players Youth Theatre w Teatrze Królowej Matki w Hitchin.
Był związany z wieloma produkcjami teatralnymi, między innymi zagrał główną rolę ocalałego więźnia nazistowskiego obozu jenieckiego w sztuce "If This Is A Man". W 1995 roku Ben razem ze swą grupą teatralną wystawił tę sztukę na Festiwalu w Edynburgu, gdzie zebrała bardzo pochlebne recenzje i uznanie krytyków.
Dalszą naukę kontynuował w Samuel Whitbread Community College w Clifton, a następnie wstąpił do Royal Academy of Dramatic Art (RADA).
W 2005 roku krytycy ponownie docenili wielki talent Bena Whishawa w recenzjach sztuki "Mercury Fur", która zasłynęła swoją brutalną fabułą. Ben zagrał w niej rolę handlarza narkotyków.
Na dużym ekranie zadebiutował w filmie "
Okop" u boku
Daniela Craiga. Przełomem w jego karierze okazała się rola Jean-Baptiste Grenouille, seryjnego mordercy chcącego stworzyć zapach doskonały w filmie pt.: "
Pachnidło" w reżyserii
Toma Tykwera.