Akcja filmu dzieje się od Luwru po Pałac Buckingham, od slumsów Paryża po oblężenie La Rochelle. W królestwie podzielonym wojnami religijnymi i zagrożonym inwazją Anglii garstka mężczyzn i kobiet skrzyżuje miecze, by ratować Francję. Głównym bohaterem "Trzech muszkieterów: D'Artagnan" jest D'Artagnan (w tej roli François Civil), który marzy o tym, by zostać muszkieterem. W realizacji tego pragnienia będą próbowali mu pomóc jego nowi przyjaciele: Atos (Vincent Cassel), Portos (Pio Marmaï) i Aramis (Romain Duris). To u ich boku będzie musiał walczyć nie tylko o wolność, ale na jego barkach będzie spoczywała odpowiedzialność za dalsze losy Francji.

Młody, waleczny Gaskończyk d'Artagnan w drodze do Paryża staje w obronie młodej kobiety. Pokonany przez zamaskowanych napastników cudem uchodzi z życiem. Po przybyciu do stolicy postanawia odnaleźć sprawców i wymierzyć im sprawiedliwość. Nie podejrzewa, że w ten sposób trafi w sam środek międzynarodowej intrygi zagrażającej bezpieczeństwu Francji. Wraz z nowymi przyjaciółmi, muszkieterami Atosem, Portosem i Aramisem próbuje udaremnić niebezpieczne machinacje kardynała Richelieu. Jednak to miłość do pięknej Konstancji Bonasiuex sprowadzi na niego prawdziwe niebezpieczeństwo. Konstancja jest powiernicą królowej Francji, która zostaje uwikłana w niebezpieczną grę mającą na celu wciągnięcie kraju w wyniszczającą wojnę. D'Artagnan musi stanąć do walki o bezpieczeństwo i honor swojej ukochanej oraz jej pani. W ten sposób stanie się śmiertelnym wrogiem Milady de Winter, która nie cofnie się przed niczym, by zrealizować swój podstępny plan.