Pierwotnie scenariusz do filmu miał napisać Jamie Moss.
Pierwotnie rolę Kusanagi miała zagrać Margot Robbie.
Do roli Batou rozważany był Matthias Schoenaerts.
Sam Riley brany był pod uwagę przy obsadzaniu roli Kuze.
Kiedy samochód Aramakiego zostaje ostrzelany, dziury po kulach skupione są ciasno jedna przy drugiej. W następnym ujęciu widzimy, że są one równomiernie rozmieszczone.
Kiedy Cutter rozmawia z Aramakim w jego biurze, jego ręce zmieniają położenie między ujęciami. Gdy kamera znajduje się za Cutterem, pochyla się on nad biurkiem, wspierając się na pięściach. W kolejnym ujęciu, filmowanym zza pleców Aramakiego, Cutter wspiera się na biurku otwartymi dłońmi.
Film był kręcony w Wellington, Lower Hutt (Nowa Zelandia), Szanghaju i Hongkongu (Chiny).
Film kręcono od 1 lutego do 16 czerwca 2016 roku.
Początkowo głównym antybohaterem w filmie miał być Laughing Man, haker, antagonista z pierwszego sezonu "Ghost in the Shell: Stand Alone Complex". Ostatecznie wybrano jednak przeciwnika z drugiego sezonu, Hideo Kuze, by historia stała się bardziej osobista dla Major, jako że oboje mają wspólną przeszłość w serialu.