W 1998 roku na Ziemi zaobserwowano dużą aktywność obcych. Co gorsza, pojawiają się meldunki o uprowadzeniach i atakach nieznanego przeciwnika. 11 grudnia 1998 r. w Genewie zostaje powołana specjalistyczna organizacja o nazwie X-COM, która ma na celu przeciwdziałać agresji. Do jej szczegółowych zadań należy zakładanie baz, wysyłanie myśliwców przechwytujących UFO i próby ich zestrzelenia, walka na powierzchni oraz zdobywanie i badania nad technologią obcych. Rozpoczyna się wojna na globalną skalę.