Przeżycia z wyspy Yamatai sprawiły, że młoda i niedoświadczona dotychczas Lara Croft, zmieniła się w twardą i potrafiącą sobie poradzić w trudnych sytuacjach kobietą. Dodatkowo dziewczyna popada w osamotnienie, ponieważ nikt nie daje wiary w to, co wydarzyło się podczas jej ostatniej wyprawy. By znaleźć potwierdzenie swoich słów, Lara wyrusza w kolejną podróż, tym razem na Syberię, w poszukiwaniu mistycznego miasta Kitież. Legenda głosi, iż owe miejsce kryje w sobie tajemnicę nieśmiertelności. Towarzyszy jej dawny znajomy, kucharz ze statku Endurance, Jonah Maiava. Szybko okazuje się, że misja nie będzie łatwa a główni bohaterowie nie są jedynymi zainteresowanymi starożytną metropolią. Poza nimi, artefaktu szuka także tajemnicza organizacja o nazwie Trinity.