Akcja Enemy Territory: Quake Wars rozgrywa się w 2065 roku. Stroggowie (armia obcych) lądują na Ziemi w celu podbicia naszej planety oraz zlikwidowania rasy ludzkiej. W obronie przed nikczemnymi Stroggami staje elitarny oddział komandosów GDF (Global Defense Force). Gracz może wcielić się zarówno w żołnierza jednej, jak i drugiej strony konfliktu.

Twórcy oddali do dyspozycji graczy całkiem pokaźny arsenał broni. Siły GDF dysponują między innymi karabinami maszynowymi, pistoletami, granatnikami, wyrzutniami rakiet, natomiast ich przeciwnicy całą gamą futurystycznych broni. Gracz będzie miał również możliwość prowadzenia pojazdów, począwszy od Hum-Vee na ogromnych mechach kończąc. Rozgrywka nastawiona została na pracę w grupie - każdy żołnierz ma określone zadania, których nie dopełnienie spowoduje klęskę całej drużyny.