Cała historia zaczyna się w momencie, gdy Omi - młody i wielce obiecujący mnich klasztoru Shaolin - otrzymuje od swojego Mistrza polecenie zajęcia się trójką nastolatków: córką bogatego producenta gier, Kimiko, nieco zarozumiałym cyrkowcem z Brazylii, Raimundem oraz dżentelmenem z teksańskiego rancza, Clay'em. Niewielki, zielony smok Dojo, który okazuje sie jednak całkiem sporym stworzeniem, gdy sie postara, zabiera całą czwórkę w miejsce, gdzie ponoć uaktywniło się coś zwane Shen Gong Wu [wym. szen-gon-gu]. Na miejscu bohaterowie spotykają Jacka Spicera, młodego wynalazcę i "geniusza zła", jak sam sie określa, oraz jego wspólniczkę - ducha haylińskiej wiedźmy Wuyi.
Po dość udanej walce zwanej Pojedynkiem Mistrzów, wszyscy wracają z powrotem do klasztoru. Tami Omi z dumą stwierdza, że "jego nowi przyjaciele" już się od niego czegoś nauczyli - co Mistrz Fung gasi stwierdzeniem, że to Omi ma sie uczyć od nich i... od tego momentu zaczyna się zasadnicza historia.

Czwórka bohaterów, którzy w przyszłości mają stać się Smokami Żywiołów, zaczyna ćwiczyć razem w klasztorze Shaolin, w między czasie znajdując i walcząć o niezwykłe Shen Gong Wu, z których każde posiada inną niezwykłą własciwość. Po przeciwnej stronie barykady mamy Wuyę, która za wszelką cenę chce odzyskać swoje ciało. Wykorzystuje w tym celu "geniusza zła" Jacka Spicera, co rusz jednak próbując zastąpić go innym wspólnikiem. Gdy wiedźma odzyska ciało, a wraz z nim swoje moce - świat pogrąży sie w chaosie, a ona zdobędzie nad nim absolutną władzę.