Niewyjaśniony fenomen miał miejsce na odległej wyspie zwanej „The Lost Ground”, który dał początek nowemu gatunkowi ludzkiemu. Ludzie ci, zwani Alter Users, potrafią manipulować materią i przekształcać ją w całkowicie odmienną formę. Aby utrzymać pokój między ludźmi a nową rasą, siły policyjne, zwane HOLD, wraz z elitarną jednostką Alter Users HOLY, łapią najgroźniejszych przedstawicieli nowej rasy i dają im wybór - albo dołączą do HOLY, albo zostaną uwięzieni. Ale czy HOLY wyłącznie kieruje się dobrem ogółu, czy też jej działania mają inne motywy?