Gwiezdne Wrota: Atlantyda to serial, który powstał jako odnoga serialu Gwiezdne wrota. Gdy została odnaleziona Atlantyda, ostatnia placówka Pradawnych, dowództwo Gwiezdnych Wrót postanawia wysłać tam ekipę aby zbadała i zdobyła bezcenne informacje o technologii najbardziej rozwiniętej rasy we wszechświecie. Nie wiedzieli jednak, że Pradawni opuścili swoja placówkę, żeby ta nie dostała się w ręce Wraithów. Od teraz, bez możliwości powrotu na Ziemie, bohaterowie badają i toczą nierówną walkę z, wysysającymi z innych istot życie, Wraithami.

Akcja serialu rozgrywa się już po zakończeniu słynnego Stargate SG-1.
Zostajemy przeniesieni do galaktyki Pegaza, gdzie odnaleziono opuszczoną placówkę Pradawnych - Atlantydę. Z Ziemi zostaje wysłana ekspedycja badawcza. Wkrótce bohaterowie napotykają wrogą rasę Wraith, która staje się nowym zagrożeniem dla ludzkości.
W rolach głównych zobaczymy zupełnie nowe postacie, jednak epizodycznie będą pojawiać się członkowie grupy SG-1.