Mikan jest dziewczynką pełną optimizmu. Lecz gdy jej najlepsza przyjaciółka Hotaru oświadcza, że postanwia wyjechać i kontynuować naukę w Gakuen Alice, sama również decyduje się opuścić swoje rodzinne miasteczko oraz ukochanego dziadka. I tak za sprawą swej determinacji trafia do tej elitarnej szkoły, w której uczniowie posiadają wybitne i zarazem niezwykłe zdolności, zwane "Alice". Dziwnym zbiegem okoliczności okazuje się fakt, że sama dysponuje podobnymi uzdolnieniami. Dni upływają jej na szkolnych obowiązkach i zawiązywaniu nowych przyjaźni, do czasu gdy ta wspaniała szkoła nie pokaże swego ciemnego oblicza...