Ash, Pikachu i reszta ich drużyny Pokemon starają się powstrzymać parę złodzieji, ukrywających się w kanałach Alto Mare, wodnej stolicy świata. Wśród bohaterów są dwa nowe Pokémony, Latias i Latios - siostra i brat, którzy chronią drogocennego skarbu...

Ash, wraz ze swoim pokemonem Pikachu i parą przyjaciół, trafia do miasteczka Altomare, gdzie biorą udział w wodnych wyścigach i świetnie się bawią. Nie wiedzą, że w mieście grasują dwie złodziejki - Annie i Oakley, których celem jest złapanie dwóch legendarnych pokemonów - Latiosa i Latiasa. Mają nie lada problem, bowiem mają oni zdolność podszywania się pod ludzi. Annie i Oakley chcą za wszelką cenę ich złapać, by zdobyć bardzo cenny kryształ. Pozwala on na kontrolę całego świata. Dla Asha zacznie się kolejna, wielka przygoda.

Ash i przyjaciele trafiają do miasta Altomare. Przybywają tam też dwie złodziejki Annie i Oakley, aby zdobyć kryształ, który może kontrolować całe miasto a nawet cały świat. Pokemony Latios i Latias nie mogą na to pozwolić i proszą Asha o pomoc.