Przyszłość, Ziemia została zniszczona w kataklizmie o nazwie Siedem Dni Ognia. Teraz Niebieska Planeta porośnięta jest toksyczną dżunglą, którą zamieszkują niebezpieczne mutanty. Ludzie mieszkają w niewielkich plemionach i prowadzą niekończącą się wojnę z dżunglą.
Bohaterką filmu jest Nausicaä - wojowniczka, która potrafi ujarzmić wiatr. 

Tysiąc lat po "Siedmiu Dniach Ognia", czyli wojnie zakończonej wielkim ekologicznym kataklizmem, Ziemia porośnięta jest toksyczną dżunglą, pełną ogromnych owadów-mutantów. Oddychanie bez maski tlenowej grozi śmiercią w ciągu kilku minut. Jedną z ostatnich zamieszkałych przez ludzi oaz jest królestwo zwane Doliną Wiatru. Wieje tam "wiatr bogów", odpędzający trujące opary.

Następczyni tronu, księżniczka Nausicaä, razem z mistrzem Yupą próbują zrozumieć mechanizmy rządzące przyrodą i znaleźć sposób, który zapewni ludziom bezpieczeństwo. Delikatna równowaga zostaje zachwiana, gdy nieopodal rozbija się samolot przewożący potężną broń. Sąsiedzi Doliny Wiatru planują użyć jej, by zniszczyć owady i dżunglę, nieświadomi, że ściągną w ten sposób zgubę na resztę ludności.

1000 lat po upadku olbrzymiej przemysłowej cywilizacji, rdza i ceramiczne odłamki pokryły ziemię. Po tym Pustkowiu rozprzestrzeniały się lasy zabójczych grzybów uwalniając trujące opary. Rozprzestrzenianie się tego Pustkowia zagrażało istnieniu pozostałości ludzkiej rasy. Dolina Wiatru, w której żyje Księżniczka Nausicaä jest chroniona właśnie dzięki wiejącym wiatrom od trucizny Pustkowia. Istnieje jednak stara legenda, według której: Ten, błękitną szatę noszący, zstąpi na pole złote, by zerwane z ziemią więzy powtórnie odnowić i przywieść lud do krainy błękitnej czystości. Nausicaä odkrywa, że rośliny posadzone na czystej ziemi pobranej z głębokości 500 metrów i korzystające z głębinowej wody nie wytwarzają trujących oparów. Kiedy na jej królestwo napada wojowniczy lud pod dowództwem księżniczki Kushany, Nausicaä zostaje porwana w błękitnym stroju. Czy to ona właśnie jest osobą z przepowiedni?

Życie na Pustkowiu jest możliwe tylko w specjalnych maskach tlenowych, bez których po 5 minutach jest się martwym. Księżniczka Nausicaä, jeszcze niepełnoprawny jeździec wiatru, odnajduje dobrze zachowaną skorupę Ohmu, gigantycznego robaka, z którego wydłubuje ogromne i lekkie oko. Dzięki tej skorupie ludzie z Doliny Wiatru będą mogli wytworzyć wiele trwałych narzędzi. W pobliżu Mistrz Yupa zostaje zaatakowany przez ogromnego Ohmu. Nausicaä tylko dzięki świetlnym bombom i specjalnemu gwizdkowi na owady ratuje go przed śmiercią. Dolina Wiatru, w której mieszka jest wyjątkowym miejscem, ponieważ dzięki swemu położeniu i wiejącym wiatrom jest chroniona przed zabójczym Pustkowiem. Yupa powrócił właśnie z jednej ze swoich wypraw mających na celu odkrycie czy Pustkowie w końcu zetrze ludzki gatunek z powierzchni ziemi. Tej samej nocy w pobliżu wioski rozbija się olbrzymi torumekiański statek powietrzny opanowany przez owady. Katastrofę przeżywa jedyni skuta księżniczka Rastel z Pejite, która jednak wkrótce umiera. Na statku był przewożony wykopany z trwającego tysiące lat uśpienia Boży Wojownik, jeden z tych, które spaliły świat w czasie Siedmiu Dni Ognia. Nazajutrz Dolina zostaje zaatakowana przez torumekiańskie wojsko, niszcząc ją i zabijając ojca Nausicii. Torumekianie chcą za wszelką cenę ożywić Wojownika, aby ten zniszczył Pustkowie. Księżniczka wraz z 5 innymi mężczyznami zostaje jako zakładniczka zabrana do podbitego królestwa Pejite. W drodze ich konwój zostaje zaatakowany przez samotny myśliwiec z okupowanego Pejite. Flota wraz z myśliwcem zostaje rozbita nad Pustkowiem...