Dwóch jezuickich księży, Sebastiao Rodrigues i Francis Garrpe, podróżują do siedemnastowiecznego, odizolowanego od wszelkich zewnętrznych kontaktów Królestwa Japonii, by sprawdzić postęp działań misji ewangelizacyjnych. Tam stają się świadkami prześladowania japońskich chrześcijan przez ich własne władze, które chcą pozbyć się wszelkich wpływów z Zachodu. Rodrigues zwiedza wioskę, zastanawiając się, dlaczego Bóg pozostaje milczącym, podczas gdy jego dzieci cierpią.