Znowu wracamy do świata dwóch rzeczywistości. Pierwsza stanowi zwykłe życie na Ziemi. Druga jest ukryta za codziennością. Pan Anderson musi dowiedzieć się, czy jego świat jest realny i poznać samego siebie. Thomas/Neo znów podąża za białym królikiem. Czy opuści iluzję, którą jest Matrix? Bohater zna swój cel, ale nie wie, że Matrix jest silniejszy i niebezpieczniejszy niż kiedykolwiek wcześniej. Deja vu. Keanu Reeves wciela się w rolę człowieka, który kiedyś został uratowany z Matrixa, by stać się zbawicielem rodzaju ludzkiego. Teraz po raz kolejny musi wybrać ścieżkę, którą chce podążać.