Film zaczyna się spokojnie w nowojorskim ZOO, gdzie mieszkają troche zwariowane zwierzęta: Lew, Zebra, Żyrafa, Hipopotamica, Małpy, Pingwiny. Główni bohaterowie mają charakterystyczne cechy, które przejawiają się w ciągu całego filmu: Lew (Alex) - egoista, Zebra (Marty) - chęć podróżowania, Hipopotamica (Gloria) - matczyne odruchy, Żyrafa (Melman) - hipochondryk. W ZOO mają wszystkiego pod dostatkiem, a nawet więcej. Marty jednak ma dość nudy i pewnej nocy ucieka z ZOO, jego przyjaciele podążają za nim i dopadają go na Dworcu centralnym. Tam łapią ich służby porządkowe, po tym wybryku zwierzęta z ZOO wysłane są do Afryki, lecz pingwiny przejmują statek i gubią skrzynie z naszymi bohaterami. Ci docierają do wyspy Madagaskar. Spotykają tam szalone i roztańczone Lemury i uczą się żyć w dziczy gdzie nie wszystko jest takie proste, jak mogło się wydawać... U niektórych zaczynają przejawiać się pierwotne instynkty. Spotykają ich tam rózne, ciekawe perypetie....
Lew Alex jest główną atrakcją i królem miejskiej dżungli w nowojorskim zoo w Central Parku. Wraz ze swymi najlepszymi przyjaciółmi: Zebrą Marty'm, Żyrafą Melmanem oraz Hipopotamicą Glorią całe życie spędzili w błogiej niewoli, zajadając się smakołykami i rozkoszując się widokami parku. Marty daje się ponieść swej ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. Zamierza powrócić przed następnym rankiem. W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają zniknięcie przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzić Marty'ego.
Lew Alex jest główną atrakcją i królem miejskiej dżungli w nowojorskim zoo w Central Parku. Wraz ze swymi najlepszymi przyjaciólmi: Zebrą Marty'm, Żyrafą Melmanem oraz Hipopotamicą Glorią całe życie spędził w błogiej niewoli, zajadając się smakołykami i rozkoszując widokami parku. Marty daje się ponieść ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. Zamierza powrócić przed następnym rankiem. W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają zniknięcie przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzic Marty'ego z powrotem do domu.
Lew Alex (Stiller) jest główną atrakcją i królem miejskiej dżungli w nowojorskim zoo w Central Parku. Wraz ze swymi najlepszymi przyjaciółmi: Zebrą Marty'm (Rock), Żyrafą Melmanen (Schwimmer) oraz Hipopotamicą Glorią (Pinkett Smith) całe życie spędzili w błogiej niewoli, zajadając się smakołykami i rozkoszując się widokami parku.
Marty daje się ponieść swej ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności. Zamierza powrócić przed następnym rankiem. W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają zniknięcie przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzić Marty'ego z powrotem do domu, zanim ktokolwiek zauważy ich zniknięcie.
Nawet w Nowym Jorku lew, żyrafa i hipopotamica spacerujący po ulicach i poruszający się metrem wywołują sensację. Alexowi, Melmanowi i Glorii udaje się odnaleźć Marty'ego w stacji Grand Central, ale nie udaje im się złapać kolejki do zoo. Zamiast tego zostają schwytani i wysłani statkiem do Afryki.
Kiedy pingwinom udaje się dokonać sabotażu statku, Alex, Melman i Gloria docierają na egzotyczną wyspę Madagaskar. Dopiero teraz urodzeni nowojorczycy muszą nauczyć się przetrwania w dżungli i odkrywają prawdziwy sens słów - 'to właśnie jest prawdziwa dżungla'.
Dobiegają dziesiąte urodziny zebry Marty'ego - jest imprezka, prezenty, dobra zabawa. Jednak Marty nie widzi w tym nic szczególnego, gdyż zdaje sobie sprawę, że czas nieuchronnie brnie do przodu, a marzenia o wolności pozostają tylko marzeniami. Przyjaciele Marty'ego - lew Alex, żyrafa Melman i hipopotamica Gloria nie rozumieją jego pragnień. Alex jest w zoo absolutnym królem, Melman to totalny hipochondryk, a Gloria jest zadowolona z dotychczasowego życia - po prostu żadnemu z nich nie uśmiecha się perspektywa zamieszkania w dziczy. Jednak za sprawą nadzwyczajnej mocy urodzinowego życzenia Marty'ego i z małą pomocą brygady lekko trzepniętych pingwinów czwórka przyjaciół ląduje na obcej wyspie, zdala od "człowieków", nowojorskich atrakcji i... pysznych steków.
Lew Alex jest rodowitym nowojorczykiem, królem miejskiej dżungli w zoo w Central Parku i jego główną atrakcją. Wraz z zebrą Martym, żyrafą Melmanen oraz hipopotamicą Glorią, całe życie spędzili w błogiej niewoli, zajadając się smakołykami. Jednak Marty daje się ponieść swej ciekawości i przy pomocy pingwinów ucieka z ogrodu zoologicznego, aby poznać nieznany dotąd świat wolności.
W środku nocy Alex, Melman i Gloria zauważają brak przyjaciela i postanawiają wymknąć się z zoo i sprowadzić go z powrotem do domu, zanim ktokolwiek zauważy ich zniknięcie. Lew, żyrafa i hipopotamica spacerujący po ulicach Nowego Jorku i poruszający się metrem wywołują sensację. Udaje im się odnaleźć Marty'ego w stacji Grand Central, ale nie udaje im się złapać kolejki do zoo. Zostają schwytani i wysłani statkiem do Afryki.
Na statku wraz z innymi znajdują się pingwiny, którym wcale nie uśmiecha się podróż do Afryki - one chciałyby trafić na Antarktydę. Wydostają się ze swojej skrzyni i przejmują dowództwo nad statkiem. W całym zamieszaniu skrzynie z innymi zwierzętami wypadają za burtę. Ingerencja pingwinów powoduje, że Alex, Marty, Melman i Gloria trafiają na Madagaskar. Teraz urodzeni nowojorczycy którzy nie wyobrażali sobie życia, muszą nauczyć się, jak przetrwać w prawdziwej dżungli. W wielkomiejskim zoo byli najlepszymi przyjaciółmi, teraz zaczynają się odzywać ich pierwotne instynkty.
Hipopotamica Gloria, lew Alex, żyrafa Melman oraz zebra Marty od lat mieszkają w nowojorskim zoo. Mają tam wszystko, czego oczekują od życia- widownię, wykwintne jedzenie i przyjaciół. Jedynie pogrążony w depresjii Marty postanawia uciec, co wpędza w kłopoty całę stado kompanów- wszyscy zostają złapani podczas spaceru i umieszczeni w statku płynącym na Madagaskar. Na tropikalnej wyspie przyjaciele będą musieli zmierzyć się z zupełnie nowym życiem, w czym pomoże im banda sympatycznych lemurów.
Lew Alex, zebra Marty, żyrafa Melman oraz hipopotamica Gloria żyją w luksusowym, nowojorskim parku zoologicznym. Na pierwszy rzut oka mają wszystko, czego można zapragnąć: świetne jedzenie, wspaniałą opiekę, a przede wszystkim sławę wśród odwiedzających ich ludzi. Brakuje tylko jednego - wolności. Marty od zawsze marzył, by poczuć smak dzikiej natury, więc kiedy w dniu jego urodzin nareszcie nadarza się ku temu okazja, ucieka z Central Parku. Wierni przyjaciele podążają za nim, chcąc z powrotem sprowadzić go do ZOO. Wkrótce jednak zostają złapani i umieszczeni na statku, płynącym do Afryki. Czwórka przyjaciół trafia na tropikalną wyspę, gdzie musi uchronić przyjaźń oraz zmierzyć się z prawdziwą dziczą.