6. wiek n.e. Król Anglii, Artur (Mark Stanley), razem z czarownikiem Merlinem (Brian Gleeson) doprowadzają do upadku złej królowej, Nimue (Milla Jovovich). Jej poćwiartowane zwłoki zostają zamknięte w 7 skrzyniach i ukryte w najdalszych zakątkach kraju. Czasy współczesne. Hellboy (David Harbour), agent Biura Badań Paranormalnych i Obrony (B.P.R.D.), powraca do bazy z nieudanej misji w Meksyku. Jego ojciec i przełożony jednocześnie, profesor Bruttenholm (Ian McShane), zleca mu kolejne zadanie.

Uwaga, nadchodzi apokalipsa! Królowa czarownic Nimue przybywa do naszego świata, a wraz z nią dziesiątki demonicznych potworów. Wiedźma chce wprowadzić nowy porządek na Ziemi i gdy zdobędzie pełnie mocy, nikt nie będzie w stanie jej powstrzymać. Do walki z siłami zła staje Hellboy. Jego piekielne korzenie predestynują go do walki z taką potwornością. Niestety, bohater jest już nieco zmęczony i dość mocno zgorzkniały. Świat dał mu już wiele razy popalić. Czy jest więc w ogóle sens za niego się bić? Cóż, taka rola bohatera, nawet jeśli ma on rogi na głowie.