Podczas pobytu w zakładzie poprawczym młody wrażliwy chłopak, Daniel, przechodzi głęboką przemianę duchową. Marzy o tym, żeby zostać księdzem, ale z zasądzonym wyrokiem nie ma szans na dostanie się do seminarium duchownego. Jednak gdy zostaje zwolniony warunkowo z poprawczaka, zamiast do nakazanej pracy w stolarni udaje się do niewielkiej parafii, gdzie pod nieobecność proboszcza postanawia spełnić swoje marzenie. Przyjdzie mu zmierzyć się z zadrą, która tkwi w miejscowej ludności po przebytej tragedii. Film osnuty na prawdziwych wydarzeniach dotyka uniwersalnych i ponadczasowych problemów związanych z duchowością człowieka, wiarą, poszukiwaniem właściwego wymiaru i sensu religii, potrzebą dokonywania w życiu istotnych przewartościowań oraz z podziałami społecznymi.

"Boże ciało" inspirowane jest prawdziwą historią 20-letniego chłopaka Daniela (Bartosz Bielenia), który przechodzi duchową przemianę w więzieniu i po warunkowym zwolnieniu trafia do niewielkiego miasteczka w Polsce. Pod nieobecność miejscowego księdza Tomasza (Łukasz Simlat), chłopak wykorzystuje okazję i udając nowego duchownego zaczyna pełnić posługę kapłańską. Jego niekonwencjonalne metody i charyzma zaczynają poruszać ludzi pogrążonych w tragedii, która niedawno wstrząsnęła lokalną społecznością.

Daniel ma jedynie dwadzieścia lat. Trafia do więzienia i w tym, zdawałoby się zapomnianym przez Boga miejscu, przeżywa duchowe odrodzenie. Jednak przeszłość nie zapomina, a kryminalne dossier staje na drodze marzeniu o oddaniu się służbie Bogu. Gdy nadarza się okazja, chłopak decyduje się na oszustwo. Udając absolwenta seminarium, zastępuje chorego pastora w parafii małego prowincjonalnego miasteczka. Często improwizując i uzupełniając niedostatek wiedzy w liturgii niepodrabianą pasją i szczerością, przyciąga i zrzesza wokół siebie ludzi. Nieświadomie staje się spoiwem dla podzielonego przez niedawną tragedię lokalnego społeczeństwa. Aczkolwiek należy pamiętać, że żaden dobry uczynek nie pozostaje bezkarny.