Tym razem Milo Tatch, Kida i ich niezawodna załoga wyruszają na powierzchnię by rozwiać jego tajemnice. Podczas tej niebezpiecznej wyprawy walczą z wielkim potworem morskim zwanym "Krakenem". Stawiają czoła duchom pustynii. A także powstrzymują szaleńca podającego się za Odyna (największego z Bogów Północy) przed zagładą świata.
Kida dowiaduje się wielu rzeczy na temat strażnika Atlantydy, oraz właściwości kryształu - którego potem używa aby podzielić się wiedzą zaginionego lądu (Atlantydy) z resztą świata.

Podczas pierwszej ekspedycji Milo i jego towarzysze odnaleźli słynne podwodne miasto i ocalili tajemnicze królestwo oraz jego mieszkańców przed niechybną zagładą. Teraz będą musieli opuścić Atlantydę i stawić czoła zupełnie nowym wyzwaniom... Przemierzając głębiny oceanu, bezkresne pustynie i ośnieżone szczyty gór, drużyna Milo zmierzy się z morskimi potworami, duchami oraz szalonymi bogami.

Milo, Kida i ich załoga muszą stawić czoła nowym wyzwaniom. Podczas wyprawy Kida odkrywa potężną moc kryształu pochodzącego z jej rodzinnego królestwa. Musi zdecydować, czy roztropniej będzie ukryć Serce Atlantydy, czy podzielić się jego światłem z resztą świata.