Akcja filmu "Fantastyczne zwierzęta i jak je znaleźć" rozpoczyna się w 1926 roku. Newt Scamander wraca z wielkiej wyprawy, której celem było odnalezienie i opisanie szeregu fantastycznych zwierząt. Jego krótki pobyt w Nowym Jorku mógłby przejść niezauważony, gdyby nie pewien nie-czar (tj. amerykański mugol) o imieniu Jakub, źle skierowany magiczny przypadek oraz ucieczka kilku fantastycznych zwierząt Newta. Wszystko to może spowodować nie lada kłopoty zarówno dla świata magicznego, jak i nie-czarów.

Jest rok 1926. Tajemnicza moc sieje zniszczenie na ulicach Nowego Jorku, grożąc ujawnieniem społeczności czarodziejów. Do miasta przybywa magizoolog, Newt Scamander, z walizką pełną magicznych stworzeń. Gdy niczego niepodejrzewający nie-mag Jacob przypadkiem wypuszcza kilka zwierząt, bohaterowie łączą siły, by je złapać. Nie wiedzą, że ta misja doprowadzi ich do konfrontacji z ciemnymi mocami.