Gra przeszła przez wiele perturbacji dewelopingu. Prace nad nową produkcją dziejącą się w uniwersum "X-COM" rozpoczęto w 2006 roku. Za jego tworzenie odpowiedzialne było studio Irrational Games. Wkrótce jednak projekt został zawieszony, a jego twórców oddelegowano do produkcji "Bioshocka 2". Powrócono do niej w 2010 roku i postanowiono, że nowy "X-COM" będzie FPS-em. Po kolejnych zawirowaniach koncept gry ulegał jeszcze kilkukrotnym zmianom (jeden z nich opierał się m. in. na survival horrorze w stylu "Silent Hill"). W końcu w 2012 roku roku twórcy ogłosili, że ich gra będzie taktyczną strzelanką.