Rok 2185. W ramach rozpoczętego kilka lat wcześniej programu "Inicjatywa Andromeda", który przewiduje wielką kolonizację ludzi oraz innych ras Drogi Mlecznej w odległej galaktyce Andromedy, z Układu Słonecznego wyruszają arki - wielkie statki, mające dowieźć do celu tysiące zahirbernowanych osadników w trakcie trwającej ponad 600 lat podróży. Po osiągnięciu Andromedy okazuje się, że planety, wcześniej określone jako zdatne do życia, teraz zmieniły się w nieprzyjazne pustkowia, zaś za wszystkim stoi nieznana, złowroga rasa. Gracz, wcielający się w Pioniera - specjalnie wyszkoloną jednostkę mającą oceniać światy pod kątem zdatności do zasiedlenia - musi poprowadzić Inicjatywę w bój o znalezienie nowego domu.