Fabuła "Far Cry 3" skupi się na postaci Jasona Brody’ego, samotnie żyjącego na tropikalnej wyspie na krańcu świata. W tym dzikim raju, gdzie bezprawie i przemoc są jedynymi pewnymi rzeczami, gracze sami zdecydują o rozwoju jego losów. Wyspa będzie zapomnianym przez Boga miejscem nieustannych potyczek, strzelanin, wybuchów i ataków z ukrycia.