Akcja "F.E.A.R. 2: Project Origin" rozpoczyna się na krótko przed zakończeniem historii przedstawionej w "F.E.A.R." Pewien oddział sił specjalnych odbywa rutynową misję na przedmieściach Auburn, gdy nagle tajemnicza eksplozja wstrząsa posadami miasta. Alma, dziewczynka o nadprzyrodzonych zdolnościach i pragnieniu zemsty, wyładowuje swój gniew wprowadzając na ulice Auburn istny chaos. Wspomniany oddział musi pokonać armię przeciwników i nadnaturalne istoty, które stoją na drodze do powstrzymania Almy i odkryć prawdziwe źródło horroru...