Lain Iwakura - zawsze cicha i spokojna 14-latka, która stara się nie zwracać na siebie uwagi. W szkole dowiaduje się, że rówieśniczka z równoległej klasy popełniła niedawno samobójstwo, a teraz mimo, że nie żyje wysyła ludziom przez sieć e-maile. Gdy Lain wraca do domu i odpala swój komputer, otwiera e-mail na którego końcu znajduje się stwierdzenie - "Here Is a God" (Tu jest Bóg). Lain postanawia odkryć o co w tym wszystkim tak naprawdę chodzi.