W epizodzie I - "Złowieszczy klon", pełna akcji przygoda rozpoczyna się, gdy Darth Sidious ujawnia swój plan stworzenia super broni - wysoko rozwiniętego, potężnego klona nazwanego Jek 14. Ma on pomóc mu pokonać Republikę raz na zawsze. Tylko mistrz Jedi, Yoda i jego młodzi uczniowie, Padawani, dzięki wspólnemu działaniu mogą uratować galaktykę!

W epizodzie II - "Groźba Sithów", Hrabia Dooku wykorzystuje swojego nowego, udoskonalonego klona do stworzenia armii Jek klonów. Jednak oryginalny Jek-14 nie chce brać udziału w tej niecnej intrydze. Z pomocą starych przyjaciół i dwójki znajomych Droidów, zastępujący mistrza Anakin Skywalker musi poprowadzić klasę Padawanów Yody ku zwycięstwu!