Cierpiąca na zanik pamięci Ellis zostaje obciążona winą za zamordowanie słynnego fizyka Heinricha Schneidera. Ukrywającą się dziewczynę odnajduje w meksykańskiej wiosce łowczyni głów Nadie. Jednak zamiast ją wydać, Nadie decyduje się pomóc Ellis. Obie wyruszają bez wahania w drogę na południe. Przy pomocy tajemniczego kamienia o nazwie "Róża Inków" i niepewnych wspomnień Ellis dziewczęta szukają zaginionego miasta Winay Marka, by wyjaśnić przeszłość Ellis. Niebawem wychodzi na jaw, że dziewczyna dysponuje dziwną telepatyczną mocą...
Serial El Cazador de la bruja to zamknięcie trylogii "Girls-with-Guns" reżysera Koichi Mashimo. Opowieść ta łączy urok Noir ze szczyptą Thelma & Louise i włoskiego westernu. Muzyka Yuki Kajiury nastrojowo podkreśla atmosferę tego serialu.