W roku 2016 topnienie rdzenia reaktora nuklearnego powoduje wielką katastrofę w Tokio. 20 lat później miasto jest praktycznie wymarłe z powodu wysokiego poziomu promieniowania. Jednak to właśnie z tamtego obszaru zostaje nadane wezwanie pomocy. Japońskie Siły Samoobrony wysyłają na miejsce trójkę dziewcząt ze specjalnej jednostki Coppelion, by odnalazły ocalałych.