Jonathan LaPaglia jest młodszym bratem aktora Athony'ego LaPaglii. Ich ojciec Eddie ma salon samochodowy, matka Rose była sekretarką. Jonathan studiował medycynę przy University of Adelaide. Przez trzy lata pracował w szpitalach w Adelajdzie, Sydney i Londynie. Z biegiem czasu zwyciężyła jednak miłość do aktorstwa. W 1994 roku w Nowym Jorku rozpoczął naukę w Square Theatre School. Ubiegał się o rolę w serialu "
Ostry dyżur", ale jej nie dostał. Zagrał natomiast w serialu "
Ulice Nowego Jorku" . W 2016 roku został prowadzącym trzeciego sezonu reality show "Australian Survivor".