Jonas Thern urodził się i dorastał w małej, wiejskiej miejścowości Värnamo w południowej Szwecji. Tamże od dzieciństwa z wielką determinacją podejmował treningów w miejscowym klubie piłkarskim. Ciężka praca na boisku odwdzięczyła się mianem jednego z najlepszych pomocników w dziejach szwedzkiej piłki nożnej. Przełomem w jego karierze było podpisanie profesjonalnego kontraktu z czołowym klubem w rodzimej lidze - Malmö FF (w 1985 roku). Spędził tam 4 lata, zdobywając jeden tytuł mistrzowski Allsvenskan w 1988.
Rok później był już laureatem Złotej Piłki ("Guldbollen") w kategorii Szwedzki Piłkarz Roku. Zaowocowało to transferem do jednego z najlepszych klubów w Europie,a mianowicie do Benfici Lizbona (grał tam od 1989 do 1992). Następnymi przystankami w jego świetnej karierze piłkarskiej były: Napoli (1992-94), Roma (1994-97) i Glasgow Rangers (1997-99). Niestety musiał przedwcześnie zakończyć grę na najwyższym poziomie, z powodu nękających go kontuzji.
W barwach reprezentacji wystąpił na Mundialu w 1990 roku, Euro 1992 oraz na Mistrzostwach Świata w 1994 roku, z których powrócił z brązowym medalem.
Po zawieszeniu butów na kołku zajął się trenerką. Prowadził pierwszoligowy Halmstads BK. Otworzył również hostel w swoim rodzinnym mieście.