Jeffrey Jones urodził się 28 września 1946 roku w Nowym Jorku. Występuje zarówno na scenie teatralnej jak i na dużym ekranie. Uczęszczał na Uniwersytet Lawrence. Jones debiutował pod koniec lat sześćdziesiątych, następnie przez całą kolejną dekadę występował w teatrach nowojorskich i podrzędnych filmach telewizyjnych.
W 1967 roku po tym jak wystąpił w spektaklu "Hobson's Choice", został zauważony przez Sir Tyronea Guthrie, który zaproponował mu dołączenie do prestiżowego Teatru Guthrie w Minneapolis. Przełom w jego karierze nastąpił, gdy
Milos Forman obsadził go w roli cesarza Józefa II w filmie "
Amadeusz". Rola ta, w którą Jones, wielokrotnie wcielał się również w teatrze, przyniosła mu liczne wyróżnienia, m.in. nominację do nagrody Złoty Glob. Pojawił się na planie trzech filmów
Tima Burtona "
Sok z Żuka", "
Ed Wood" oraz "
Jeździec bez głowy".
W listopadzie 2002 roku został oskarżony o posiadanie materiałów zawierających pornografię dziecięcą oraz wykorzystanie 14-letniego chłopca, który pozował do zdjęć o charakterze pornograficznym. Aktor został wypuszczony po zapłaceniu kaucji w wysokości 20 tys. dolarów.