Filippo Inzaghi swoją karierę rozpoczął w rodzinnym mieście w drużynie Piacenzy. Potem grał w mało znaczących klubach - Leffe, Hallas Varona, ponownie Piacenzie, następnie przeniósł się do Parmy, a w 1996 do Atalanty Bergamo gdzie w pierwszym sezonie gry został królem strzelców włoskiej ekstraklasy z dorobkiem 24 goli. Poskutkowało to transferem do uwczesnego mistrza Włoch -Juventusu Turyn. Wraz ze Starą Damą wygrał mistrzostwo Włoch w 1998 roku. W Turynie stworzył świetny duet napastników wraz z Alessandro Del Piero. Jednak po kilku latach ich drogi się rozeszły i w 2001 roku Filippo odszedł za 30 mln. dolarów do AC Milan. Z klubem z Mediolanu zdobył Ligę Mistrzów, Superpuchar Europy i Puchar Włoch w 2003 roku i Mistrzostwo Włoch 2004. Jako reprezentant Włoch występował w finałach Mistrzostw Świata w 1998 i 2002 oraz Mistrzostw Europy 2000 (2. miejsce i 2 gole), z powodu kontuzji nie pojechał na ME 2004.
Zawodnik słynie z tego, że jest bardzo trudnym rywalem dla defensywy przeciwników, gra w jednej linii z ostatnim obrońcą i dlatego często wpada w pułapki off-side'owe, ale równie często udaje mu się urwać obronie przeciwnika i jest wtedy trudny do zatrzymania - dysponuje znakomitym przyspieszeniem, potrafi również doskonale ustawić się podczas wykonywania stałych fragmentów gry. Bardzo często jest oskarżany przez przeciwników o symulowanie fauli w celu uzyskania rzutu wolnego lub karnego, a także o umyślne prowokacje w czasie gry.
Filipo Inzaghi jest bardzo "kontuzjo-gennym" piłkarzem, w 1996 roku jego kariera zawisła na włosku, gdy w trakcie występów w drużynie Parmy doznał złamania prawej nogi.