Zagorzały miłośnik książek, Charlie Kaufman pisał sztuki i robił filmy już jako student. W 1972 roku przeniósł się z Massapequa w stanie New York do West Hartford, Connecticut, gdzie uczęszczał do szkoły średniej. Występował w szkolnych przedstawieniach jako aktor komediowy, a po ukończeniu szkoły rozpoczął studia na Boston University, jednak wkrótce przeniósł się na New York University (w klasie filmu). Charlie pracował w "Star Tribune" (Minneapolis) w późnych latach 80., następnie przeniósł się do Los Angeles w 1991 roku, gdzie dostał zlecenie do napisania scenariusza telewizyjnego sitcomu "
Get a Life". Pisał na zlecenie do najróżniejszych produkcji telewizyjnych, w tym komediowych. W tym okresie stworzył pomysłowy i oryginalny scenariusz do filmu "
Być jak John Malkovich", który spodobał się w Hollywood i zainteresował producenta
Steve'a Golina. Charlie pracuje w swoim domu w Pasadenie w Kalifornii, gdzie mieszka ze swoją żoną Denise oraz dziećmi.