"Teoria spisku" to film opowiadający o pewnym taksówkarzu, który stał się marionetką rządu. Jerry Fletcher (Mel Gibson) jest z pozoru normalnym obywatelem. Ma jednak małą wadę. Wszędzie widzi ubranych na czarno agentów rządowych, którzy chcą go zabić. W spisek wplątana jest też agentka Departamentu Sprawiedliwości, Alice Sutton (Julia Roberts). Fletcher jest jej "Aniołem stróżem". Wspólnie starają się rozwiązać tę "zagadkę".  

Zwolennicy teorii spisku są przekonani o tym, że istnieje grupa ludzi, często związana z władzą lub tajnymi organizacjami, która świadomie działa na szkodę społeczeństwa. Nowojorski taksówkarz Jerry (Mel Gibson) ma na potwierdzenie tego niezliczoną ilość dowodów. Wiele z nich poznali jego klienci, jeszcze więcej prawniczka Alice (Julia Roberts), którą regularnie nachodzi. Pewnego dnia urojenia Jerry'ego zaczynają się jednak pokrywać z rzeczywistością...

Jerry Fletcher (Mel Gibson) zarabia na życie jako taksówkarz w Nowym Jorku i z przejęciem opowiada swoim pasażerom o spiskach, które jak uważa, kryją się we wszystkim, co go otacza. Ale Fletcher nie jest wariatem. Kiedy nie prowadzi taksówki, spędza czas w domu. Kupuje całe stosy gazet, w których szuka potwierdzenia swoich urojeń. Gromadzi wszelkie informacje na temat nieprawdopodobnych zdarzeń. Potem bierze brulion i idzie podzielić się swoimi teoriami z jedyną życzliwą mu osobą - Alice Sutton (Julia Roberts), prawniczką pracującą w departamencie sprawiedliwości. Ona także żyje pewną obsesją - kilka lat temu, w tajemniczych okolicznościach zamordowano jej ojca, znanego sędziego federalnego. Od tego czasu Alice stara się rozwiązać zagadkę tego morderstwa.
Pewnego dnia Jerry zostaje uprowadzony przez doktora Jonasa (Patrick Stewart), psychiatrę, agenta rządowego, który chce odkryć, co kryje się w pamięci taksówkarza i kim tak naprawdę on jest. Spotkanie z Jonasem ma dla Fletchera dramatyczny przebieg. Udaje mu się jednak uciec. Alice czuje się zmuszona wysłuchać jego historii. Nagle oboje znajdą się w podobnej sytuacji. Muszą uciekać, aby ocalić życie.

Nowojorski taksówkarz jest przekonany, że otaczają go uczestnicy spisku. Swymi podejrzeniami dzieli się z pracownicą Departamentu Sprawiedliwości, która jednak nie traktuje go poważnie. Wkrótce dochodzi do wydarzeń, które każą jej porzucić sceptyzm.