1 września 1939 roku. O godzinie 4:45 rano niemiecki pancernik "Schleswig-Holstein" otwiera ogień w stronę Wojskowej Składnicy Tranzytowej Westerplatte, rozpoczynając II Wojnę Światową. Placówką dowodzi major Henryk Sucharski (Michał Żebrowski), który ma rozkaz utrzymać się przez dwanaście godzin. Obrońcy odpierają pierwsze ataki nieprzyjaciela i liczą na szybką pomoc. Drugiego dnia bitwy Niemcy przeprowadzają bombardowanie z powietrza. Sucharski przechodzi załamanie nerwowe, a dowództwo obejmuje jego zastępca, kapitan Franciszek Dąbrowski (Robert Żołędziewski). Zamierza on bez względu na wszystko bronić placówki do ostatniej kropli krwi. Sucharski jednak zdaje sobie sprawę z trudnego położenia obrońców Westerplatte i chce doprowadzić do kapitulacji, by ocalić życie swoich żołnierzy.

Historia zmagań garstki żołnierzy walczących z przeważającymi siłami niemieckimi, to jedno z najbardziej dramatycznych wydarzeń kampanii wrześniowej 1939 roku. Mieli wytrwać 12 godzin... Walczyli 7 dni.
"Tajemnica Westerplatte" to opowieść o dramacie walki i wyborach człowieka w obliczu śmiertelnego zagrożenia. To obraz wojny, w którym heroizm przeplata się z lękiem, a obok wielkości i poświęcenia jest także małość i słabość.