1851. Edgardo Mortara jest szóstym dzieckiem żydowskiej rodziny z Bolonii. Uważając go za chorego i umierającego, chrześcijańska służąca Anna Morisi potajemnie udziela mu chrztu. Dziecko przeżywa, ale siedem lat później Anna wyznaje informację o chrzcie Pierowi Felettiemu, szefowi bolońskiego biura Świętej Inkwizycji. Feletti postanawia odebrać dziecko rodzinie, sakrament uczynił dziecko nieodwołalnie katolickim, nie może być wychowywany przez niechrześcijan.

Bolonia, rok 1858. Gwardia Papieska przybywa do żydowskiej dzielnicy i z domu rodziny Mortrarów zabiera małego Edgardo. Okazuje się, że chłopiec został potajemnie ochrzczony przez opiekunkę, a prawo nakazuje, żeby został wychowany na katolika. Sprawa ma wymiar polityczny - porwanie ma być sposobem na umocnienie władzy słabnącego Kościoła. Zrozpaczeni rodzice próbują za wszelką cenę odzyskać dziecko.

Rok 1858, żydowska dzielnica Bolonii. Pod osłoną nocy Gwardia Papieska wdziera się do domu rodziny Mortarów. Na rozkaz kardynała mają zabrać Edgarda, ich siedmioletniego syna, i wysłać do Rzymu. Dziecko zostało w tajemnicy ochrzczone przez swoją opiekunkę, a prawo papieskie jest nieubłagane: musi otrzymać katolickie wychowanie. Zrozpaczeni rodzice Edgarda zrobią wszystko, żeby odzyskać syna. Podejmują walkę, która szybko nabiera wymiaru politycznego. Jednak Kościół i papież nie zgadzają się na zwrot dziecka, chcąc umocnić swoją coraz bardziej słabnącą władzę.