Najpotężniejszy pokemon na świecie - Mewtwo, znalazł wraz ze swoimi pokemonami-klonami miejsce w świecie Johto, gdzie mogą być szczęśliwi. Niestety, raj nie trwa długo, bowiem odnajduje go Giovanni - biznesmen, któremu wcześniej uciekł Mewtwo. Teraz Giovanni zamierza go złapać i wykorzystać. Tymczasem zupełnie przypadkowo losy Mewtwo krzyżują się z podróżą trenera pokemonów Asha i jego przyjaciół - Misty i Brocka. Widząc w jakiej ten jest sytuacji, postanawiają mu pomóc.

Kontynuacja filmu "Pokemon: film pierwszy". W odległej krainie jest miejsce z krystalicznie czystą wodą i zakazanymi górami. Mewtwo i jego towarzysz Pokemon super-klon ostatecznie znajdują dom, gdzie mogą żyć w spokoju, z dala od wścibskich oczu i raniących ocen ludzi. Ale idylla nie trwa długo. Znów los Mewtwo spocznie w rękach Asha.

[opis dystrybutora]