Państwowy Dom Dziecka w Maliszewie zostaje wyposażony we wspaniały komputer. W noc wigilijną zdradza on dzieciom tajemnice przyszłości. Wielki Elektronik, uciekając przed ekspedycją Pana Kleksa w kosmos, zatrzymał się na planecie Mango. Zyskał pełne zaufanie gubernatora i pragnie wykorzystać najnowszy wynalazek - fantomizację, aby zemścić się na Panu Kleksie. Pan Kleks schronił się na Ziemi w ostatnim rezerwacie przyrody w towarzystwie stworka, Melo Śmiacza. Tymczasem dzieci ze Szkoły Przyszłości mają poważne kłopoty. Jeden z uczniów naraża się dyrektorowi. Koledzy, Agnieszka i Groszek, postanawiają go udobruchać, organizując przedstawienie. W trakcie spektaklu Wielki Elektronik fantomizuje Agnieszkę i przenosi na planetę Mango. Od starego robota dzieci dowiadują się o istnieniu Pana Kleksa. Udają się w wielkiej tajemnicy do rezerwatu. Pan Kleks z dziećmi wyrusza ścigaczem kosmicznym, pilotowanym przez ojca Groszka, na poszukiwanie Agnieszki.

Pan Kleks (Piotr Fronczewski) po zmianie mentalności dzieci opuszcza świat cywilizowany i ukrywa się w ostatnim rezerwacie przyrody. Wkrótce odwiedzają go uczniowie szkoły im. Stanisława Lema, których koleżanka Agnieszka została porwana. Pan Kleks domyśla się, że uprowadzenie przy użyciu zaawansowanej technologii mógł dokonać tylko jego dawny rywal, Wielki Elektronik (Henryk Bista). Rzeczywiście, były imperator po ucieczce z Wyspy Wynalazców osiadł na planecie Mango. Tam spędził wiele lat na realizacji swego nowego wynalazku - urządzenia do przenoszenia materii, czyli fantomizacji. Od pozostającego na ziemi pułkownika Alojzego Bąbla (Zbigniew Buczkowski), obecnie dyrektora Bajkowego Biura Podróży, dowiaduje się, że Pan Kleks razem z przyjaciółmi wyruszył na Mango. Planuje uwięzić swego odwiecznego wroga w specjalnie stworzonym komputerowym labiryncie. Wkrótce okazuje się, że w całej historii chodzi o tajemniczy dar kosmitów dla Ziemian, mogący zaważyć o losach wszechświata...