Solid Snake musi odnaleźć Abrahama Bishopa, łącznika w przemycaniu broni produkowanej przez firmę ArmsTech do wielu krajów. Znajduje się on w rejonie Daskasan między Armenią a Azerbejdżanem. Ostatnio dzieją się tam bardzo dziwne rzeczy. Co tak naprawdę znajduje się w tym miejscu? W zadaniu pomogą Snake'owi snajper Pierre Leclerc oraz była członkini Delta Force Elizabeth Laeken. Razem muszą przedostać się na obce terytorium i stawić czoła nowemu przedsięwzięciu ArmsTech.