Film jest adaptacją opowiadania Jarosława Iwaszkiewicza. Akcja rozgrywa się w XVIII wieku na wschodnich rubieżach Polski, skupiona jest wokół dwóch postaci: matki Joanny - rzekomo opętanej przez demona, oraz ojca Suryna - egzorcysty przysłanego do klasztoru, w którym jest ona przełożoną. Ojciec Suryn podejmuje szereg działań, by pomóc Joannie i zakonnicom - jednakże wszystkie tradycyjne metody zawodzą. Doprowadzony do ostateczności, młody egzorcysta popełnia świadomie straszliwą zbrodnię.

Smoleńszczyna, XVII w. Do klasztoru w Ludyniu przybywa ksiądz Suryn mający pomóc opętanym miejscowym siostrom zakonnym. Mimo wielu zabiegów jego wysiłki i modlitwy nie przynoszą oczekiwanych efektów. Przeżywając kolejne rozterki duchowe zaczyna coraz bardziej zbliżać się do przeoryszy zakonu tytułowej matki Joanny. Suryn chcąc ocalić Joannę za wszelką cenę postanawia poświęcić własną duszę i skazać się na wieczne potępienie. Studium ludzkiej natury: duchowej i cielesnej na podst. opowiadania Jarosława Iwaszkiewicza.

Do klasztoru w Ludyniu przybywa ksiądz Suryn, który ma pomóc tutejszym siostrom zakonnym opętanym przez demony. Mimo wielu wysiłków - nie widać oczekiwanych efektów. Z czasem kapłan odkrywa w sobie uczucie do najbardziej opętanej ze wszystkich sióstr - Matki Joanny od aniołów.