W długo oczekiwanym sequelu "Madagaskaru" - kontynuacji znakomitego przeboju kina familijnego z 2005 roku - Lew Alex, Zebra Marty, Żyrafa Melman, Hipopotamica Gloria, Król Julian Maurice, Pingwiny i Szympansy wyrzucone na odległy brzeg Madagaskaru snują nowy plan. W obliczu niesprzyjających okoliczności losu, mieszkańcy Manhattanu uknuli plan tak szalony, że może okazać się całkiem skuteczny. Z wojskową precyzją Pingwiny dokonały naprawy starego rozbitego samolotu - tak przynajmniej może się wydawać na pierwszy rzut oka. Niedługo po starcie linii lotniczych Pingwin, z dość zaskakującą załogą na pokładzie, samolot zdołał się utrzymać w powietrzu na tyle długo, żeby przenieść naszych bohaterów do najdzikszego miejsca na ziemi - bezkresnych równin Afryki. W tym właśnie nieplanowanym "docelowym porcie lotniczym" członkowie naszej wyrosłej w cieplarnianych warunkach nowojorskiego zoo załogi natrafiają po raz pierwszy na swoich dzikich współbraci - ich własne gatunki żyjące w naturalnych warunkach. Afryka wydaje się być wymarzonym miejscem na ziemi… ale czy lepszym niż ich własny dom w Central Parku?

Kolejna część znanej już wszystkim opowieści o grupie zwierzaków z nowojorskiego zoo. Lew Alex z przyjaciółmi wciąż przebywają na wyspie Madagaskar, i postanawiają ja wreszcie opuścić. Niestety nie dopływają zbyt daleko bo do wybrzeży dzikiej Afryki. Tam Alex spotyka swoich pobratymców, z którymi próbuje nawiązać kontakt, lecz wieloletni pobyt w zoo daje o sobie znać. Przyjaciele muszą spróbować odnaleźć się w tej nowej dzikiej krainie.

W kontynuacji przebojowego "Madagaskaru" powracają dobrze znani bohaterowie: lew Alex, zebra Marty, żyrafa Melman, hipopotamica Gloria, Król Julian, Maurice, pingwiny oraz szympansy. Oddalone o setki tysięcy mil od swojego domu w Nowym Jorku zwierzaki znajdują nieprawdopodobny sposób na powrót do nowojorskiego zoo: za pomocą zreperowanego przez pingwiny samolotu zamierzają opuścić dzikie zakątki Afryki. Tymczasem każdy z naszych ulubieńców po raz pierwszy spotyka innych przedstawicieli swojego gatunku, a Czarny Kontynent zaczyna się wydawać cudownym miejscem... Czy pokusa powrotu do wielkiego miasta okaże się silniejsza?

Nasi ulubieńcy, z lwem Alexem na czele, powracają na ekran. Dzięki genialnym Pingwinom bohaterowie trafiają do dzikiej Afryki. Tam poznają nowy, zaskakujący świat, którego istnienia nawet się nie spodziewali. Alex odnajduje swoich rodziców, których niestety szybko traci. Hipopotamica Gloria, zebra Marty i żyrafa Melman pomagają swojemu przyjacielowi. Sami jednak odkrywają jak bardzo ich życie w zoo różni się od życia na sawannie.