Głównym bohaterem "Liczby doskonałej" jest młody matematyk Dawid (Jan Marczewski), który podporządkował całe życie badaniom nad liczbami pierwszymi. Poznanie dalekiego kuzyna, Joachima (w tej roli Andrzej Seweryn), sprawia, że mężczyzna zaczyna stopniowo przewartościowywać swoje priorytety. Joachim jest człowiekiem sukcesu, który zawodowo osiągnął praktycznie wszystko i ostatnie lata życia postanowił spędzić w ojczystej Polsce. To spotkanie będzie miało na nich ogromny wpływ i sprowokuje długą dyskusję nad nieodgadnionym porządkiem świata, sensem życia i jego przemijania.

Zanussi powrócił do swoich wiodących wątków filmowych, tym razem sięgając po thriller psychologiczny. Przecinają się drogi życiowe dwóch osób na całkiem różnych etapach życia. David jest młodym matematykiem, geniuszem pochłoniętym pracą naukową, który porzucił karierę w biznesie. Joachim jest już bliżej kresu życia, bogaty i cyniczny, cudem uniknął śmierci w zamachu w Izraelu. Ich spotkanie wywołuje pytania o sens życia, przemijanie, intelekt, miłość, porządek świata, rolę przypadku czy wreszcie istnienie bądź nieistnienie Boga. Sytuację komplikuje pojawienie się w życiu Davida Oli.