Kaiju to ogromne potwory, które od lat terroryzują Japonię. Walczy z nimi specjalny oddział, a inna grupa zajmuje się sprzątaniem pozostałości po potyczkach z gigantycznymi bestiami. Kafka Hibino pracuje właśnie przy utylizacji resztek potworów. W przeszłości Kafka chciał zostać członkiem oddziału walczącego z Kaiju, ale mu się to nie udało. Niespodziewanie Kafka wchodzi w interakcję z Kaiju-pasożytem, który sprawia, że ten zamienia się w potwora. Z pomocą młodszego kolegi Reno Ichikawy, Kafka ukrywa swoją tożsamość, jednocześnie dążąc do spełnienia swojego życiowego marzenia o zdaniu egzaminu Sił Obronnych. A kiedy tajemniczy inteligentny Kaiju atakuje bazę Sił Obronnych, Kafka staje przed kluczową decyzją w rozpaczliwej sytuacji...