Wbrew tytułowi, nie jest to biograficzny film, pasujący do formułki w stylu: "Życie i twórczość wielkiego malarza". Francisco Goya (Stellan Skarsgard) wplątuje się w mroczną intrygę. Inkwizycja oskarża pozującą mu Ines (Natalie Portman) o herezję. Aby uratować dziewczynę, przed ciężkim więzieniem, Goya wstawia się za nią u zaprzyjaźnionego mnicha, brata Lorenzo (Javier Bardem). Starania te jednak nie pomagają. Ines zostaje skazana na długi pobyt w lochu. Mija 20 lat. W Hiszpanii pojawiają się Francuzi pod wodzą Napoleona Bonaparte (Craig Stevenson). Inkwizycja zostaje zniesiona, a więźniowie uwolnieni. Wtedy właśnie, trójka bohaterów spotyka się ponownie.

Przełom XVIII i XIX wieku, Hiszpania. Piękna Ines (Natalie Portman), z zamożnej chrześcijańskiej rodziny, jest muzą Francisco Goi (Stellan Skarsgard), pierwszego nadwornego malarza króla Hiszpanii. Pewnej nocy szpiedzy Świętej Inkwizycji podpatrują ją w karczmie i uznają, że unikając wieprzowiny Ines daje dowód potajemnego wyznawania judaizmu. Jest to wystarczającym powodem do wezwania dziewczyny przed oblicze trybunału Inkwizycji, poddania torturom i skazania na lata więzienia. Czy artysta, portretujący dworskich i kościelnych dostojników, zdoła pomóc swej muzie? Historia bezbronnej kobiety jest pretekstem do ukazania obrazu tamtych burzliwych czasów, widzianego oczami malarza.

Obraz Milosa Formana ukazuje Hiszpanię XVIII i XIX wieku. Ojciec Lorenzo jest zafascynowany młodą Ines, muzą Francisco Goi. Kobieta zostaje oskarżona o herezję. Goya jest nadwornym malarzem królewskim, który żyje z portretowania wpływowych ludzi. Obserwuje również to, co dzieje się w państwie i uwiecznia wszelkie zwyrodnienia, okrucieństwo prowadzonych wojen oraz barbarzyństwo i głupotę ludzką. Próby uratowania przyjaciółki, nawet przy pomocy Lorenzo, spełzają na niczym i dziewczyna trafia do lochów Świętej Inkwizycji.

Hiszpania przełomu XVIII i XIX w. Burzliwe czasy, obfitujące w niepokoje i cierpienia. Święta Inkwizycja zaostrza walkę z heretykami i wyznawcami liberalnej myśli oświeceniowej. Pochodząca z zamożnej, chrześcijańskiej rodziny piękna Ines (Natalie Portman) jest muzą Francisco Goi (Stellan Skarsgård), nadwornego malarza króla Hiszpanii. Żyjąc z portretowania wpływowych ludzi, Goya "po godzinach" z pasją uwiecznia zwyrodnienia Inkwizycji, okrucieństwa wojen, barbarzyństwo i głupotę ludzką. Niespodziewanie młodziutka Ines zostaje oskarżona o herezję i skazana na długi pobyt w więzieniu. Goya prosi o pomoc w uratowaniu dziewczyny zaprzyjaźnionego mnicha, brata Lorenzo (Javier Bardem).

Hiszpania na przełomie XVIII i XIX w. czas historycznych turbulencji, gwałtownych niepokojów, cierpienia i Inkwizycji. Ojciec Lorenzo (Javier Bardem), członek Świętego Oficjum, jest zafascynowany młodziutką muzą słynnego hiszpańskiego malarza Francisco Goi (Stellan Skarsgård) - Ines (Natalie Portman), która na skutek fałszywego oskarżenia o herezję uwięziona zostaje w lochach Świętej Inkwizycji. Obserwatorem i katalizatorem zdarzeń jest Francisco Goya nadworny malarz królewski, który żyjąc z portretowania wpływowych ludzi, "po godzinach" z pasją uwiecznia zwyrodnienia Inkwizycji, okrucieństwa wojen, barbarzyństwo i głupotę ludzką.