Tytułowe żywe kamienie to zabytki architektury, które przekazują historię minionych pokoleń. Kraków jest pod tym względem miastem szczególnym - był nie tylko królewską stolicą Polski, ale również miastem Żydów. Kazimierz Wielki, król Polski otoczył opieką Żydów chroniących się w Polsce przed prześladowaniami w innych krajach. W 1334 roku wydał na ich rzecz tzw. przywilej krakowski. Zamieszkali w dzielnicy zwanej na cześć króla Kazimierzem. Film opowiada ich historię przez architekturę: starą gotycką bożnicę z XIV w., synagogi Remuh i Wysoką: dzieła oficyn księgarskich, pocztówki i fotografie, cmentarze. Dziedzictwo wieków runęło w czasach Zagłady, nad zwalonymi macewach unosi się lament ocaleńców. Po wojnie Komitet Ochrony Zabytków przystąpił do odbudowy Kazimierza. W synagodze Remuh już odbywają się nabożeństwa.