"XCOM 2" przenosi graczy 20 lat w przyszłość. Ludzkość przegrała wojnę z obcymi, którzy ustanowili nowy porządek świata. XCOM, zapomniana już tajna organizacja paramilitarna, musi uderzyć ponownie, aby odzyskać kontrolę nad Ziemią i uwolnić ludzi spod jarzma kosmitów.

Akcja "XCOM 2" osadzona jest dwadzieścia lat po wydarzeniach, które miały miejsce w "XCOM: Enemy Unknown". Ludzkość przegrała starcie z przybyszami z innej galaktyki i podporządkowała się władzy najeźdźców. Niedobitki sił XCOM przegrupowują się, by w odpowiedniej chwili poderwać ludzi do walki przeciwko agresorom, ujawnić ich prawdziwe zamiary wobec sterroryzowanych mieszkańców Ziemi i wyzwolić planetę spod jarzma okupantów.