"Operation Flashpoint: Resistance" opowiada o wydarzeniach mających miejsce przed kampanią "Cold War Crisis". Wcielamy się w byłego komandosa Victora Troskę, który osiedlił się na wyspie Nogova, by zapomnieć o bolesnej przeszłości. Jednak nie jest mu dane życie spokojnego obywatela. Kiedy słaby rząd Republiki Nogovy chwieję się, swoją pomoc oferuje ZSRR. Staje się on jednak jej okupantem. Tylko Victor może stanąć na czele ruchu oporu i pokonać Sowietów.